A mediados del siglo XVII, se registra su existencia, junto a la desembocadura del rio Solimões, de una aldea, fundada por los jesuítas. Cercanos al lugar serían estabelecidos en 1766 un puesto militar y un puesto fiscal, teniendo en vista manejar la región fronteriza con Colombia y Perú. A partir de ese momento, se formó la población de São Francisco Xavier de Tabatinga.

El 28 de junio de 1866, el marcado de los límites entre Brasil y Perú es fijado por la población. Entonces, la región estaba integrada al municipio de São Paulo de Olivença.

En 1898, con la separación del territorio se procede a constituir el municipio de Benjamim Constant, el área de Tabatinga se inclue en este último como uno de los subdistritos del distrito sede.

El 4 de junio de 1968, por la Ley Federal nº 5.449, todo el municipio de Benjamim Constant es enmarcado como Área de Segurança Nacional.

Em 10.12.1981, por la Emenda Constitucional nº 12, el subdistrito de Tabatinga es separado de Benjamim Constant, pasando a constituirse como municipio autónomo.